Музей входит в пятерку крупнейших геолого-минералогических музеев России и имеет в экспозиции одну из крупнейших биологических диорам страны. Имеет 4 зала, в которых представлены коллекции ильменских минералов и экспонаты растительного и животного мира Ильменского заповедника. Для гостей проводятся экскурсии и продается сувенирная продукция.